Alfred Fouillée naît le 18 octobre 1838 à La Pouëze, dans le Maine-et-Loire. Il prépare seul l'agrégation de philosophie, qu'il obtient en 1864, puis enseigne dans les lycées de Douai, Montpellier et Bordeaux. Il est nommé maître de conférences à l'École normale supérieure en 1872.
Ses premiers travaux portent sur Platon, Socrate et la question de la liberté. Dans La Liberté et le Déterminisme, publié en 1872, il tente de dépasser l'opposition entre une liberté sans cause et un déterminisme qui rendrait l'action entièrement passive. Il développe ensuite la notion d'idée-force, selon laquelle une idée agit déjà sur la conduite par le mouvement et le désir qu'elle éveille.
Des problèmes de santé et de vue l'obligent à quitter l'enseignement. Il poursuit néanmoins une œuvre consacrée à la psychologie, à la morale et à la société. Il élève Jean-Marie Guyau, fils de son épouse Augustine Tuillerie, et contribue à la diffusion de ses travaux. Alfred Fouillée meurt à Lyon le 16 janvier 1912.
